数学研究所于2000年11月成立，中国数学会理事、陕西省数学会副理事长兼秘书长张文鹏教授担任名誉所长，首任所长为原数学系主任李军庄教授，第二任所长为李超教授，现任所长为王念良教授。目前有研究人员7人，教授4人（其中硕士生导师3人），副教授3人。研究所设有基础数学研究室、应用数学研究室和数学教育研究室。

   研究所聘请了世界著名数论专家、西北大学博士生导师张文鹏教授，日本近畿大学金光滋教授，日本名古屋大学谷川好男教授，天津师范大学博士王光明教授，中国科学院院士、北京师范大学博士生导师王梓坤教授为研究所客座教授，定期来所进行学术交流、指导研究工作。研究所主办了中日数论研讨会、首届西北数论研讨会、第五届国际数论与Smarandache问题会议等大型学术交流活动；邀请了天津师范大学庹克平教授、王光明教授，著名数学家、大连理工大学博士生导师徐利治教授，北京师范大学原校长、中国科学院院士王梓坤教授来所举行学术讲座。这些活动的开展，为研究所科研水平进一步提高起到了积极作用。

    研究所成立以来，已取得了一些可喜的成绩，得到了社会的关注和认可。目前已承担国家、省科技厅、教育厅科研项目10项，承担校科研项目12项，获得研究经费累计40万余元，合著教材10部，在国内外公开期刊发表学术论文350多篇，（其中重要及其以上70余篇，被《美国数学研究与评论》检索、《中国数学文摘》收录30余篇）。

    数学研究所始终以昂扬的斗志、科学的态度、顽强的拼搏精神，立足本校，依托西北大学、北京师范大学等名校，依托张文鹏教授、王梓坤院士等著名专家、学者，积极开展科学研究与学术交流活动，积极拓宽研究领域、拓展研究方向；以科研促教学，以成果求发展，不断培养、引进科研人才，初步形成了具有一定研究水平和能力的科研队伍。